Elke keer dat een baby een antibioticakuur krijgt, verhogen we de kans dat hij/zij diabetes, astma of crohn krijgt. 'Mijn hypothese is dat een antiobioticumkuur telkens enkele soorten uitroeit bij die persoon. Een bewijs voor deze stelling heb ik niet. Maar we weten dat de populatiegrootte van sommige stammen heel klein is.'

Hij verwijst ook het onnodig gebruik van antibiotica tegen virale infecties. 'We hebben betere diagnosetechnieken nodig om bacteriële van virale infecties te onderscheiden. Is het een bacterie, welke dan? We moeten voor elke soort een apart antibioticum ontwikkelen. Dat zou al een wezenlijk verschil betekenen, vergeleken met de breedspectrum-antiobiotica van nu.'

Hij waarschuwt ook voor uitroeiing van Helicobacter pylori, de bacterie die maagzweren (en daarom ook maagkanker) veroorzaakt. Maar de bacterie leeft in de magen van de vele mensen die geen last van maagzweren hebben. Onderzoek van Blaser suggereert dat de helicobacter ook positieve aspecten heeft.