Onderzoekers van de Harvard universiteit zijn erin geslaagd die verschuivingen in de darmflora bij mensen waar te nemen. Ze gaven aan twee groepen een extreem dieet: een plantaardig dieet met granen, groenten, fruit en peulvruchten. Het andere dieet was volledig dierlijk: vlees, eieren en kaas. De vet- en eiwitopname van zo'n dieet ligt dubbel zo hoog. Zes mannen en vier vrouwen aten hun opgelegde dieet gedurende vijf dagen.

Al na vijf dagen waren er verschuivingen in de darmflora zichtbaar, bij het dierlijke dieet al na één dag. Het dierlijke dieet had een grotere impact dan plantaardige voeding. De verschuivingen laten zich moeilijk samenvatten en de implicaties voor de gezondheid moeten nog grondig onderzocht worden. De onderzoekers zagen wel enkele trends.

Door het plantaardige dieet neemt de aanwezigheid van prevotella-stammen toe, bacteriën die gelinkt zijn aan vezelinname. Bij een persoon was dit opvallend. Voor de studie was hij al lange tijd vegetariër, maar na enkele dagen op dierlijke voeding te leven, daalde de prevotella-cluster aanzienlijk.

Het dierlijke dieet verhoogt de expressie van enzymen die vitaminen synthetiseren en die PAH's (stoffen uit gebakken rood vlees) afbreken. Kenmerkend was de toename van bacteriën (Bilophuila wadsworthia, Alistipes putredinis en bacteroïdes sp.) die galzuurresistent zijn. De hoge vetinname verhoogt de productie van gal, en het microbioom past zich daar duidelijk aan. De bacteriële afbraak van gal verhoogt de concentratie aan deoxygalzuren in de darmen, een stof die mogelijk kankerverwekkend is voor de lever.

B. wadsworthia staat in dierstudies bekend als producent van H₂S in de darmen, ook niet erg gunstig. Opmerkelijk was een toename van bètalactamase, het enzym dat resistentie bezorgt tegen penicilline-achtige antibiotica.

Het microbioom is erg flexibel, dat is tot dusver het belangrijkste besluit. Immers was ons dieet vroeger niet constant, maar onderhevig aan seizoensgebonden schommelingen. Het microbioom moest in staat zijn zich aan te passen aan een snel veranderend dieet.